O município e a cidade de Francisco Santos tem suas origens respectivamente, na data e no povoado Jenipapeiro. Segundo a tradição oral, a ocupação da terra teve início em 1818, e a razão do topônimo foi a grande abundância de Jenipapeiros na área, à época em que ali se fixaram os primeiros habitantes. Sendo eles Nove Baianos, ali aportados no inicio do ano de 1818. O grupo era formado por dois casais, Rosa Maria Rodrigues e Policarpo Rodrigues Chaves, Isabel Maria Rodrigues e Antonio Rodrigues da Silva; Maria Vitória e seu filho solteiro, Salvador Rodrigues Chaves; João da Cruz, Teresa e Anacleta, escravos de Maria Vitória. Diz a tradição que Policarpo e Isabel eram filhos de Maria Vitória. Mais tarde, em 1820 este grupo inicial foi acrescido com a chegada de Roberto Gomes e Belchior Rodrigues da Silva, este sobrinho de Isabel e Policarpo. Prolificos Antonio e Isabel tiveram 14 filhos; Policarpo e Rosa, 13, dos quais apenas 9 sobreviveram. Entrelaçados entre si ou com pessoas de fora, estes descendentes deram origem a quase totalidade da população local. A memoria que passa de geração a geração apresenta os primeiros moradores como pessoas de certa abastança, dotadas de notaveis qualidades humanas e marcantes virtudes cristãs. Sua saída da Bahia teria sido motivada por profundo desgosto na familia. Catolicos convictos, trouxeram uma imagem de Santo Antonio de madeira, e outra de Nossa Senhora das Dores. A primeira ainda hoje conservada na capela local. Exatamente um século após o inicio do povoamento, 1918 construiu-se a primeira capela. em torno dela cresceu o arraial que, 17 anos depois, em 1935, era elevado a categoria de povoado, com a mesma denominação da fazenda. Criado o municpio, mudou -se o topônimo de Jenipapeiro para Francisco Santos, em homenagem ao Cel. Francisco Santos, talvez o filho mais ilustre da terra.
